経歴
職歴
- 2006年- : 慶應義塾大学理工学部生命情報学科 特別研究助手(博士研究員)
- 2005年-2006年 : (独) 科学技術振興機構 ERATO-SORST 北野共生システムプロジェクト 学生技術員
- 2003年-2006年 : 千葉商科大学商経学部 非常勤講師
- 2003年-2005年 : 東京工科大学工学部 実験講師
学位
- 博士(工学): 2006年3月, 慶應義塾大学大学院理工学研究科
- 修士(工学): 2003年3月, 慶應義塾大学大学院理工学研究科
- 工学士: 2001年3月, 慶應義塾大学理工学部情報工学科
研究歴
- 2006年- : 比較ゲノムに関する研究
- 2001年- : FPGA を用いた生化学シミュレーションに関する研究
- 2000年-2001年 : 超並列計算機 JUMP-1 の並列入出力機構に関する研究
業績一覧
-
長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋,
小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎,
岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
"FPGAを用いた汎用生化学シミュレータReCSiP."
電子情報通信学会論文誌D.
J89-D(6).
Jun.2006.
pp.1163-1172.
-
Yasunori Osana, Tomonori Fukushima,
Masato Yoshimi and Hideharu Amano:
"An FPGA-Based Acceleration Method for Metabolic Simulation."
IEICE Trans. on Information and Systems.
E87-D(8).
Aug.2004.
pp.2029-2037.
-
鈴木 紀章, 西村 克信, 田村 友紀,
長名 保範, 天野 英晴:
"超並列計算機JUMP-1のRDTネットワークのマルチキャスト機構の評価."
電子情報通信学会論文誌D.
J85-D1(12).
Dec.2002.
pp.1114-1125.
-
Yow Iwaoka, Yasunori Osana,
Masato Yoshimi, Toshinori Kojima, Yuri Nishikawa, Akira
Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki
Iwanaga, Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
"An Acceleration of a Biochemical Simulator on Programmable Hardware (Poster)",
The Seventh International Conference on Systems Biology (ICSB2006).
Yokohama, Japan.
2006.
PosterID: FI67.
-
Yasunori Osana, Masato Yoshimi,
Yow Iwaoka, Toshinori Kojima, Yuri Nishikawa, Akira
Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki
Iwanaga, Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
"Performance Evaluation of an FPGA-based Biochemical Simulator ReCSiP",
Proceedings of 2006 International Conference on
Field Programmable Logic and Applications.
Madrid, Spain.
Aug.2006.
845-850.
-
Masato Yoshimi, Yasunori Osana,
Yow Iwaoka, Yuri Nishikawa, Toshinori Kojima, Akira
Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shiabta, Naoki
Iwanaga, Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
"An FPGA Implementation of High Throughput
Stochastic Simulator for Large-Scale Biochemical
Systems",
Proceedings of 2006 International Conference on
Field Programmable Logic and Applications.
Madrid, Spain.
Aug.2006.
227-232.
-
Yuri Nishikawa, Yasunori Osana, Masato Yoshimi, Yow Iwaoka, Toshinori Kojima, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
"An Evaluation and Investigation of Dual-Thread
Numerical Integration Mechanism for FPGA-based
Biochemical Simulator ReCSiP.",
Proceedings of CoolChips IX.
Yokohama, Japan.
Apr.2006.
195-197.
-
Masato Yoshimi, Yasunori Osana, Yow Iwaoka,
Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki Iwanaga,
Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
"The Design of Scalable Stochastic Biochemical
Simulator on FPGA.",
Proceedings of 2005 IEEE International Conference on
Field Programmable Technology.
Signapore.
Dec.2005.
pp.339-340.
-
Yasunori Osana, Yow Iwaoka,
Tomonori Fukushima, Masato Yoshimi, Akira Funahashi, Noriko Hiroi,
Yuichiro Shibata, Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano,
and Hideharu Amano:
"A Framework for ODE-Based Multimodel
Biochemical Simulations on an FPGA."
Proceedings of the 15th
Field Programmable Logic and its applications(FPL) 2005.
Tampere, Finland.
Aug.2005.
pp.574-577.
-
Naoki Iwanaga, Yuichiro Shibata, Masato Yoshimi,
Yasunori Osana, Yow Iwaoka,
Tomonori Fukushima, Hideharu Amano, Akira Funahashi,
Noriko Hiroi, Hiroaki Kitano, and Kiyoshi Oguri:
"Efficient Scheduling of Rate Law Functions for ODE-based
Multimodel Biochemical Simulation on an FPGA."
Proceedings of the 15th Field
Programmable Logic and its applications(FPL) 2005.
Tampere, Finland.
Aug.2005.
pp.666-669.
-
Yasunori Osana, Tomonori Fukushima,
Masato Yoshimi, Yow Iwaoka, Akira Funahashi, Noriko Hiroi,
Yuichiro Shibata, Hiroaki Kitano, and Hideharu Amano:
"An FPGA-Based, Multi-model Simulation Method for
Biochemical Systems."
Proceedings of the 19th International Parallel and Distributed
Processing Symposium / Reconfigurable Architecture Workshop.
Denver, Colorado, USA.
Apr.2005.
-
Masato Yoshimi, Yasunori Osana,
Tomonori Fukushima, and Hideharu Amano:
"Stochastic Simulation for Biochemical Reactions on FPGA."
The 14th International Conference on Field Programmable
Logic and Applications.
Antwerpen, Belgium.
Aug.2004.
pp.105-114.
-
Yasunori Osana, Tomonori Fukushima
and Hideharu Amano:
"ReCSiP: a ReConfigurable Cell SImulation Platform
-Accelerating Biological Applications with FPGA-."
Proceedings of ASP-DAC '04.
Yokohama, Japan.
Jan.2004.
pp.731-733.
-
Yasunori Osana, Tomonori Fukushima,
and Hideharu Amano:
"Implementation of ReCSiP:
a Reconfigurable Cell SImulation Platform."
The 13th International Conference on Field Programmable
Logic and Applications.
Lisbon, Portugal.
Sep.2003.
pp.766-775.
-
Yasunori Osana, Hironori Nakajo,
Noriaki Suzuki, Tomonori Tamura, and Hideharu Amano:
"Performance Evaluation of a Parallel I/O Mechanism on
a Massively Parallel Processing System JUMP-1."
Proceedings of the International Conference on
Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications
Las Vegas, Nevada USA.
Jun.2001.
pp.1179-1185.
-
長名 保範:
"FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiP."
新和電材カスタマ・セミナー.
新和電材株式会社, 東京.
Nov.2005.
-
長名 保範:
"Reconfigurable HardwareのBioinformaticsへの応用."
文部科学省振興調整費「システム生物学者育成プログラム」
シンポジウム.
慶應義塾大学理工学部, 横浜.
Sep.2004.
-
小嶋 利紀, 長名 保範, 吉見 真聡,
西川 由理, 岩岡 洋, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎,
岩永 直樹, 北野 宏明 and 天野 英晴:
"FPGAボードにおける汎用ホストインターフェイスの実装と
評価."
電子情報通信学会.
RECONF2006-10.
May.2006.
-
長名 保範, 岩永 直樹, 吉見 真聡,
岩岡 洋, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎,
北野 宏明, 天野 英晴:
"FPGAを用いた生化学シミュレータ ReCSiP
におけるハードウェアリソース消費に関する考察."
電子情報通信学会.
VLD2005-107.
Jan.2006.
-
西川 由理, 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋,
小嶋 利紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明,
天野 英晴:
"FPGA を用いた生化学シミュレータ ReCSiP
における数値積分機構の性能改善手法."
電子情報通信学会.
VLD2005-106.
Jan.2006.
-
吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 西川 由理,
小嶋 利紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明,
天野 英晴:
"データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータの
FPGA への実装."
電子情報通信学会.
VLD2005-105.
Jan.2006.
-
長名 保範, 吉見 真聡, 天野 英晴:
"可変構造型デバイスを用いた神経回路網シミュレータの実現に関する検討."
情報処理学会.
ARC158-18.
Nov.2005.
-
Yasunori Osana:
"CellDesigner-SBML Layout Annotation Converter."
The 10th Workshop on Software Platforms for Systems Biology.
Boston, Massachusetts, USA.
Oct.2005.
-
Yow Iwaoka, Yasunori Osana,
Masato Yoshimi, Toshinori Kojima, Yuri Nishikawa,
Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata,
Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano, and Hideharu Amano:
"A System Design of Accelerating Biochemical Simulations
on Programmable Hardware."
The 10th Workshop on Software Platforms for Systems Biology.
Boston, Massachusetts.
Oct.2005.
-
長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀,
西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明,
天野 英晴:
"FPGAを用いた生化学シミュレータ
ReCSiP のシミュレーション制御機構."
電子情報通信学会.
RECONF2005-39.
Sep.2005.
-
岩岡 洋, 長名 保範, 吉見 真聡, 小嶋 利紀,
西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明,
天野 英晴:
"FPGAを用いた生化学シミュレータ向けSBML処理系の構築."
電子情報通信学会.
RECONF2005-40.
Sep.2005.
-
吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 柴田 裕一郎,
岩永 直樹, 天野 英晴:
"FPGAを用いた科学技術計算向け浮動小数点算術演算器の設計."
パルテノン研究会.
第26回研究会-1-7.
May.2005.
-
長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 舟橋 啓,
広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
"FPGA を用いた生化学シミュレータ ReCSiP
向けの数値積分機構の実装と評価."
電子情報通信学会.
RECONF2005-7.
May.2005.
-
岩永 直樹, 柴田 裕一郎, 吉見 真聡, 長名 保範,
岩岡 洋, 福島 知紀, 天野 英晴, 舟橋 啓, 広井 賀子,
北野 宏明, 小栗 清:
"FPGA を用いた生化学シミュレータにおける反応速度関数スケジューリングに関する検討."
電子情報通信学会.
RECONF2005-8.
May.2005.
-
吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 福島 知紀,
舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎,
岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
"ヒープ木を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装."
電子情報通信学会.
RECONF2005-9.
May.2005.
-
長名 保範, 福島 知紀, 吉見 真聡,
岩岡 洋, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎,
岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
"FPGAを用いた生化学シミュレータ用のSBML処理系の構築."
情報処理学会.
ARC161-3.
Jan.2005.
-
岩岡 洋, 長名 保範, 福島 知紀,
吉見 真聡, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹,
北野 宏明, 天野 英晴:
"SBML対応細胞シミュレータ環境の構築."
情報処理学会.
VLD2004-109.
Jan.2005.
-
長名 保範, 福島 知紀,
吉見 真聡, 天野 英晴:
"FPGAを用いた細胞内代謝系のマルチモデルシミュレーショ ン."
電子情報通信学会.
第4回リコンフィギャラブルシステム研究会-8.
Sep.2004.
-
吉見 真聡, 長名 保範,
福島 知紀, 天野 英晴:
"確率モデルを用いた化学反応シミュレーションの
FPGA による高速化."
電子情報通信学会.
第4回リコンフィギャラブルシステム研究会-33.
Sep.2004.
-
福島 知紀, 長名 保範, 田村 友紀, 濱橋 秀互,
大浪 修一, 天野 英晴:
"細胞系譜構築システムのFPGA利用による高速化."
電子情報通信学会.
第2回リコンフィギャラブルシステム研究会-14.
Nov.2003.
-
長名 保範, 福島 知紀,
吉見 真聡, 天野 英晴:
"FPGAによる細胞内代謝系のシミュレーション."
電子情報通信学会.
第1回リコンフィギャラブルシステム研究会-7.
Sep.2003.
-
長名 保範, 福島 知紀, 天野 英晴:
"FPGAを用いた細胞シミュレーションシステムの構築."
電子情報通信学会.
CPSY2002-93.
Jan.2003.
-
長名 保範, 安生 健一朗, 天野 英晴:
"Reconfigurable Hardware による細胞シミュレータの高速化手法."
情報処理学会.
ARC148-8.
May.2002.
-
額田 匡則, 鈴木 紀章, 天野 英晴, 西村 克信, 田村 友紀,
長名 保範,
小西 将人, 五島 正裕, 富田 眞治:
"超並列計算機 JUMP-1 のマルチキャスト機構による性能向上."
電子情報通信学会.
CPSY2001-49.
Aug.2001.
-
長名 保範, 中條 拓伯,
鈴木 紀章, 田村 友紀, 天野 英晴:
"超並列計算機JUMP-1の並列入出力機構の評価."
電子情報通信学会.
CPSY2001-48.
Aug.2001.
Yasunori Osana
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