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経歴

職歴

• 2006年- : 慶應義塾大学理工学部生命情報学科 特別研究助手(博士研究員)
• 2005年-2006年 : (独) 科学技術振興機構 ERATO-SORST 北野共生システムプロジェクト　学生技術員
• 2003年-2006年 : 千葉商科大学商経学部 非常勤講師
• 2003年-2005年 : 東京工科大学工学部 実験講師

学位

• 博士(工学): 2006年3月, 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 修士(工学): 2003年3月, 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 工学士: 2001年3月, 慶應義塾大学理工学部情報工学科

研究歴

• 2006年- : 比較ゲノムに関する研究
• 2001年- : FPGA を用いた生化学シミュレーションに関する研究
• 2000年-2001年 : 超並列計算機 JUMP-1 の並列入出力機構に関する研究

業績一覧

論文

1. 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
   "FPGAを用いた汎用生化学シミュレータReCSiP." 電子情報通信学会論文誌D. J89-D(6). Jun.2006. pp.1163-1172.
2. Yasunori Osana, Tomonori Fukushima, Masato Yoshimi and Hideharu Amano:
   "An FPGA-Based Acceleration Method for Metabolic Simulation." IEICE Trans. on Information and Systems. E87-D(8). Aug.2004. pp.2029-2037.
3. 鈴木 紀章, 西村 克信, 田村 友紀, 長名 保範, 天野　英晴:
   "超並列計算機JUMP-1のRDTネットワークのマルチキャスト機構の評価." 電子情報通信学会論文誌D. J85-D1(12). Dec.2002. pp.1114-1125.

国際会議

1. Yow Iwaoka, Yasunori Osana, Masato Yoshimi, Toshinori Kojima, Yuri Nishikawa, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
   "An Acceleration of a Biochemical Simulator on Programmable Hardware (Poster)", The Seventh International Conference on Systems Biology (ICSB2006). Yokohama, Japan. 2006. PosterID: FI67.
2. Yasunori Osana, Masato Yoshimi, Yow Iwaoka, Toshinori Kojima, Yuri Nishikawa, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
   "Performance Evaluation of an FPGA-based Biochemical Simulator ReCSiP", Proceedings of 2006 International Conference on Field Programmable Logic and Applications. Madrid, Spain. Aug.2006. 845-850.
3. Masato Yoshimi, Yasunori Osana, Yow Iwaoka, Yuri Nishikawa, Toshinori Kojima, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shiabta, Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
   "An FPGA Implementation of High Throughput Stochastic Simulator for Large-Scale Biochemical Systems", Proceedings of 2006 International Conference on Field Programmable Logic and Applications. Madrid, Spain. Aug.2006. 227-232.
4. Yuri Nishikawa, Yasunori Osana, Masato Yoshimi, Yow Iwaoka, Toshinori Kojima, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
   "An Evaluation and Investigation of Dual-Thread Numerical Integration Mechanism for FPGA-based Biochemical Simulator ReCSiP.", Proceedings of CoolChips IX. Yokohama, Japan. Apr.2006. 195-197.
5. Masato Yoshimi, Yasunori Osana, Yow Iwaoka, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano and Hideharu Amano:
   "The Design of Scalable Stochastic Biochemical Simulator on FPGA.", Proceedings of 2005 IEEE International Conference on Field Programmable Technology. Signapore. Dec.2005. pp.339-340.
6. Yasunori Osana, Yow Iwaoka, Tomonori Fukushima, Masato Yoshimi, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano, and Hideharu Amano:
   "A Framework for ODE-Based Multimodel Biochemical Simulations on an FPGA." Proceedings of the 15th Field Programmable Logic and its applications(FPL) 2005. Tampere, Finland. Aug.2005. pp.574-577.
7. Naoki Iwanaga, Yuichiro Shibata, Masato Yoshimi, Yasunori Osana, Yow Iwaoka, Tomonori Fukushima, Hideharu Amano, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Hiroaki Kitano, and Kiyoshi Oguri:
   "Efficient Scheduling of Rate Law Functions for ODE-based Multimodel Biochemical Simulation on an FPGA." Proceedings of the 15th Field Programmable Logic and its applications(FPL) 2005. Tampere, Finland. Aug.2005. pp.666-669.
8. Yasunori Osana, Tomonori Fukushima, Masato Yoshimi, Yow Iwaoka, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Hiroaki Kitano, and Hideharu Amano:
   "An FPGA-Based, Multi-model Simulation Method for Biochemical Systems." Proceedings of the 19th International Parallel and Distributed Processing Symposium / Reconfigurable Architecture Workshop. Denver, Colorado, USA. Apr.2005.
9. Masato Yoshimi, Yasunori Osana, Tomonori Fukushima, and Hideharu Amano:
   "Stochastic Simulation for Biochemical Reactions on FPGA." The 14th International Conference on Field Programmable Logic and Applications. Antwerpen, Belgium. Aug.2004. pp.105-114.
10. Yasunori Osana, Tomonori Fukushima and Hideharu Amano:
    "ReCSiP: a ReConfigurable Cell SImulation Platform -Accelerating Biological Applications with FPGA-." Proceedings of ASP-DAC '04. Yokohama, Japan. Jan.2004. pp.731-733.
11. Yasunori Osana, Tomonori Fukushima, and Hideharu Amano:
    "Implementation of ReCSiP: a Reconfigurable Cell SImulation Platform." The 13th International Conference on Field Programmable Logic and Applications. Lisbon, Portugal. Sep.2003. pp.766-775.
12. Yasunori Osana, Hironori Nakajo, Noriaki Suzuki, Tomonori Tamura, and Hideharu Amano:
    "Performance Evaluation of a Parallel I/O Mechanism on a Massively Parallel Processing System JUMP-1." Proceedings of the International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications Las Vegas, Nevada USA. Jun.2001. pp.1179-1185.

講演、講義

1. 長名 保範:
   "FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiP." 新和電材カスタマ・セミナー. 新和電材株式会社, 東京. Nov.2005.
2. 長名 保範:
   "Reconfigurable HardwareのBioinformaticsへの応用." 文部科学省振興調整費「システム生物学者育成プログラム」 シンポジウム. 慶應義塾大学理工学部, 横浜. Sep.2004.

研究会

1. 小嶋 利紀, 長名 保範, 吉見 真聡, 西川 由理, 岩岡 洋, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明 and 天野 英晴:
   "FPGAボードにおける汎用ホストインターフェイスの実装と 評価." 電子情報通信学会. RECONF2006-10. May.2006.
2. 長名 保範, 岩永 直樹, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 北野 宏明, 天野 英晴:
   "FPGAを用いた生化学シミュレータ ReCSiP におけるハードウェアリソース消費に関する考察." 電子情報通信学会. VLD2005-107. Jan.2006.
3. 西川 由理, 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
   "FPGA を用いた生化学シミュレータ ReCSiP における数値積分機構の性能改善手法." 電子情報通信学会. VLD2005-106. Jan.2006.
4. 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 西川 由理, 小嶋 利紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
   "データ転送網を用いた確率モデル生化学シミュレータの FPGA への実装." 電子情報通信学会. VLD2005-105. Jan.2006.
5. 長名 保範, 吉見 真聡, 天野 英晴:
   "可変構造型デバイスを用いた神経回路網シミュレータの実現に関する検討." 情報処理学会. ARC158-18. Nov.2005.
6. Yasunori Osana:
   "CellDesigner-SBML Layout Annotation Converter." The 10th Workshop on Software Platforms for Systems Biology. Boston, Massachusetts, USA. Oct.2005.
7. Yow Iwaoka, Yasunori Osana, Masato Yoshimi, Toshinori Kojima, Yuri Nishikawa, Akira Funahashi, Noriko Hiroi, Yuichiro Shibata, Naoki Iwanaga, Hiroaki Kitano, and Hideharu Amano:
   "A System Design of Accelerating Biochemical Simulations on Programmable Hardware." The 10th Workshop on Software Platforms for Systems Biology. Boston, Massachusetts. Oct.2005.
8. 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
   "FPGAを用いた生化学シミュレータ ReCSiP のシミュレーション制御機構." 電子情報通信学会. RECONF2005-39. Sep.2005.
9. 岩岡 洋, 長名 保範, 吉見 真聡, 小嶋 利紀, 西川 由理, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
   "FPGAを用いた生化学シミュレータ向けSBML処理系の構築." 電子情報通信学会. RECONF2005-40. Sep.2005.
10. 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 天野 英晴:
    "FPGAを用いた科学技術計算向け浮動小数点算術演算器の設計." パルテノン研究会. 第26回研究会-1-7. May.2005.
11. 長名 保範, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
    "FPGA を用いた生化学シミュレータ ReCSiP 向けの数値積分機構の実装と評価." 電子情報通信学会. RECONF2005-7. May.2005.
12. 岩永 直樹, 柴田 裕一郎, 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 福島 知紀, 天野 英晴, 舟橋 啓, 広井 賀子, 北野 宏明, 小栗 清:
    "FPGA を用いた生化学シミュレータにおける反応速度関数スケジューリングに関する検討." 電子情報通信学会. RECONF2005-8. May.2005.
13. 吉見 真聡, 長名 保範, 岩岡 洋, 福島 知紀, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
    "ヒープ木を用いた確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装." 電子情報通信学会. RECONF2005-9. May.2005.
14. 長名 保範, 福島 知紀, 吉見 真聡, 岩岡 洋, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
    "FPGAを用いた生化学シミュレータ用のSBML処理系の構築." 情報処理学会. ARC161-3. Jan.2005.
15. 岩岡 洋, 長名 保範, 福島 知紀, 吉見 真聡, 舟橋 啓, 広井 賀子, 柴田 裕一郎, 岩永 直樹, 北野 宏明, 天野 英晴:
    "SBML対応細胞シミュレータ環境の構築." 情報処理学会. VLD2004-109. Jan.2005.
16. 長名 保範, 福島 知紀, 吉見 真聡, 天野 英晴:
    "FPGAを用いた細胞内代謝系のマルチモデルシミュレーショ ン." 電子情報通信学会. 第4回リコンフィギャラブルシステム研究会-8. Sep.2004.
17. 吉見 真聡, 長名 保範, 福島 知紀, 天野 英晴:
    "確率モデルを用いた化学反応シミュレーションの FPGA による高速化." 電子情報通信学会. 第4回リコンフィギャラブルシステム研究会-33. Sep.2004.
18. 福島 知紀, 長名 保範, 田村 友紀, 濱橋 秀互, 大浪 修一, 天野 英晴:
    "細胞系譜構築システムのFPGA利用による高速化." 電子情報通信学会. 第2回リコンフィギャラブルシステム研究会-14. Nov.2003.
19. 長名 保範, 福島 知紀, 吉見 真聡, 天野 英晴:
    "FPGAによる細胞内代謝系のシミュレーション." 電子情報通信学会. 第1回リコンフィギャラブルシステム研究会-7. Sep.2003.
20. 長名 保範, 福島 知紀, 天野 英晴:
    "FPGAを用いた細胞シミュレーションシステムの構築." 電子情報通信学会. CPSY2002-93. Jan.2003.
21. 長名 保範, 安生 健一朗, 天野 英晴:
    "Reconfigurable Hardware による細胞シミュレータの高速化手法." 情報処理学会. ARC148-8. May.2002.
22. 額田 匡則, 鈴木 紀章, 天野 英晴, 西村 克信, 田村 友紀, 長名 保範, 小西 将人, 五島 正裕, 富田 眞治:
    "超並列計算機 JUMP-1 のマルチキャスト機構による性能向上." 電子情報通信学会. CPSY2001-49. Aug.2001.
23. 長名 保範, 中條 拓伯, 鈴木 紀章, 田村 友紀, 天野 英晴:
    "超並列計算機JUMP-1の並列入出力機構の評価." 電子情報通信学会. CPSY2001-48. Aug.2001.